Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập doanh nghiệp cần chuẩn bị gì

Doanh nghiệp mới thành lập cần chuẩn bị CHECKLIST 12 HỒ SƠ CHỨNG TỪ chính khi bị kiểm tra thuế bằng cách gom đủ “pháp lý + hóa đơn điện tử + sổ sách + đối chiếu” theo tháng, để khi CQT công bố quyết định kiểm tra bạn chỉ việc mở đúng file và ký biên bản. Bạn đọc bài này để biết DN mới 2025–2026 thường bị soi điểm nào, cần chuẩn bị 12 bộ hồ sơ gì, và cách sắp xếp để giải trình nhanh GTGT/TNDN/TNCN, tránh truy thu và phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP). Nếu làm sai, rủi ro phổ biến là hóa đơn thiếu căn cứ thanh toán, sổ Excel không khớp tờ khai, tồn kho không kiểm kê, dẫn đến loại chi phí và phát sinh tiền chậm nộp.

1) Vì sao DN mới dễ bị kiểm tra thuế và quy trình cơ bản

DN mới rủi ro cao ở hóa đơn điện tử, kê khai và dòng tiền

DN mới thường bị kiểm tra vì dữ liệu phát sinh “mới”, ít lịch sử tuân thủ và hay sai thao tác: đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, kê khai GTGT không khớp hóa đơn đầu vào/đầu ra, chi phí thiếu hồ sơ thanh toán, hoặc doanh thu ghi nhận chưa đúng thời điểm. Từ 01/01/2026, lệ phí môn bài có thay đổi lớn do Nghị định 362/2025/NĐ-CP bãi bỏ quy định cũ về lệ phí môn bài; DN mới cần cập nhật để tránh nộp/khai sai theo thói quen.

Quy trình kiểm tra tại trụ sở: chuẩn bị theo mốc thời gian

Theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 (được sửa đổi, bổ sung bởi Luật 56/2024/QH15) và Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, kiểm tra thường có các mốc: nhận quyết định, công bố quyết định tại DN, làm việc theo nội dung kiểm tra (thường soi GTGT trước), lập biên bản, ban hành kết luận/xử lý. Checklist hiệu quả nhất là chuẩn hóa “bộ hồ sơ theo tháng” để đoàn kiểm tra lấy mẫu đối chiếu nhanh, hạn chế kéo dài và giảm nguy cơ bị quy kết “không cung cấp kịp thời”.

2) Checklist 12 hồ sơ chứng từ DN mới phải có

12 bộ hồ sơ: in/scan theo tháng, đặt tên file thống nhất

Nguyên tắc sắp xếp: 01 thư mục/năm → 12 thư mục/tháng → mỗi tháng chia 4 nhóm: Pháp lý, Hóa đơn, Ngân hàng, Sổ sách. Ưu tiên bản gốc/định dạng chuẩn (PDF/XML hóa đơn), kèm bảng tổng hợp Excel để đối chiếu nhanh với tờ khai. Nếu DN theo TT133/2016/TT-BTC, đảm bảo sổ chi tiết và sổ cái khớp BCTC nộp.

+ (1) Giấy chứng nhận ĐKKD/GCN đăng ký DN và toàn bộ thay đổi thông tin

+ (2) Điều lệ, quyết định góp vốn, danh sách thành viên/cổ đông, hợp đồng thuê trụ sở

+ (3) Quy chế tài chính, quy chế tạm ứng–thanh toán, quy chế lương thưởng

+ (4) Hồ sơ nhân sự: HĐLĐ, bảng lương, đăng ký giảm trừ, ủy quyền quyết toán TNCN

+ (5) Hồ sơ hóa đơn điện tử đầu ra: XML/PDF, bảng kê theo tháng, biên bản điều chỉnh/thay thế (nếu có)

+ (6) Hồ sơ hóa đơn đầu vào: hợp đồng, nghiệm thu, hóa đơn, chứng từ giao nhận

+ (7) Chứng từ ngân hàng: sao kê, UNC, giấy báo nợ/có, đối chiếu ngân hàng

+ (8) Sổ quỹ tiền mặt, phiếu thu/chi, quy chế hạn mức tồn quỹ

+ (9) Sổ cái, sổ chi tiết tài khoản, bảng cân đối phát sinh (Excel và bản in ký duyệt)

+ (10) Tờ khai GTGT/TNDN/TNCN, phụ lục kèm theo, thông báo tiếp nhận của CQT

+ (11) Biên bản kiểm kê kho, bảng nhập–xuất–tồn, hồ sơ hủy/hao hụt (nếu có)

+ (12) Biên bản đối chiếu công nợ 131/331, xác nhận nợ, hồ sơ thu hồi/cấn trừ

Xem thêm:

Miễn thuế tndn cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 3 năm đầu thành lập

3) 5 điểm bị hỏi nhiều nhất và cách giải trình “1 lần là xong”

GTGT – TNDN – TNCN: chuẩn hóa bằng đối chiếu chéo

Đoàn kiểm tra thường hỏi theo logic đối chiếu:

• (1) TK133 so với bảng kê đầu vào và điều kiện thanh toán;
• (2) TK511 so với hóa đơn đầu ra và tờ khai;
• (3) tồn kho lớn phải có kiểm kê;
• (4) dư nợ 131/331 phải có đối chiếu;
• (5) chi phí lương phải có hợp đồng, bảng lương, chứng từ chi trả và khấu trừ TNCN. Mini case: DN dịch vụ mới, đầu vào 50 triệu nhưng thanh toán tiền mặt/thiếu ủy nhiệm chi; cách xử lý là bổ sung chứng từ thanh toán hợp lệ (nếu còn khả thi), lập biên bản đối chiếu với nhà cung cấp và giải trình dòng tiền nhất quán.

Bảng “đúng – sai” giúp kế toán mới tự rà trước khi đoàn đến

Sai sót SME hay gặp và cách sửa: sổ Excel làm thủ công dẫn đến lệch số giữa sổ cái và tờ khai; giải pháp là khóa công thức, chốt dữ liệu theo tháng, lập “bảng đối chiếu 3 bên” (hóa đơn–tờ khai–sổ kế toán) trước khi nộp. Khi đã có quyết định kiểm tra, hạn chế “điều chỉnh vội” nếu pháp luật không cho phép khai bổ sung trong một số thời điểm theo Luật 56/2024/QH15, thay vào đó chuẩn bị thuyết minh và hồ sơ gốc nhất quán.

FAQ

1) DN mới bị kiểm tra thuế tại trụ sở thường diễn ra thế nào?

Thường có quyết định kiểm tra, công bố tại DN, làm việc theo nội dung và lập biên bản theo quy trình nội bộ ngành thuế tại Quyết định 970/QĐ-TCT (2023). Bạn nên chuẩn bị hồ sơ theo tháng để khi đoàn yêu cầu lấy mẫu, cung cấp ngay và giảm thời gian làm việc.

2) DN mới cần chứng từ gì để giải trình GTGT nhanh nhất?

Trọng tâm là bộ hóa đơn điện tử đầu vào/đầu ra theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, kèm bảng tổng hợp Excel và đối chiếu với TK133, TK3331. Các khoản có giá trị lớn nên có hợp đồng, nghiệm thu và chứng từ thanh toán để tránh bị hỏi vòng.

3) “12 nội dung” hay bị soi nhất thường nằm ở đâu trên sổ sách?

Thường rơi vào chênh lệch TK133–tờ khai, TK511–hóa đơn, tồn kho, công nợ 131/331 và hồ sơ lương TNCN. Chỉ cần bạn có biên bản kiểm kê và đối chiếu công nợ định kỳ, 70% câu hỏi đã có tài liệu trả lời ngay.

4) Thiếu hồ sơ khi kiểm tra thuế có bị phạt không?

Có thể phát sinh xử phạt hành chính và truy thu tùy hành vi theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP), kèm tiền chậm nộp nếu bị ấn định nghĩa vụ thuế. Cách an toàn là hoàn thiện hồ sơ gốc ngay từ đầu và lưu bằng chứng nộp tờ khai, thông báo tiếp nhận của CQT.

Kết luận

DN mới muốn “qua kiểm tra thuế êm” cần chuẩn hóa 12 bộ hồ sơ theo tháng, vì đoàn kiểm tra làm việc theo nguyên tắc đối chiếu chéo hóa đơn–tờ khai–sổ kế toán. Hãy triển khai ngay 3 việc: (1) khóa quy trình lưu hóa đơn điện tử và hợp đồng/ nghiệm thu theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP; (2) chốt sổ Excel và lập bảng đối chiếu 3 bên trước khi nộp tờ khai; (3) làm kiểm kê kho và đối chiếu công nợ theo quý. Đồng thời cập nhật điểm mới về lệ phí môn bài từ 01/01/2026 theo Nghị định 362/2025/NĐ-CP để tránh khai nộp sai. Khuyến nghị bạn rà soát quy trình nội bộ và xem thêm hướng dẫn quyết toán thuế, lập BCTC theo TT133 để đồng bộ dữ liệu khi giải trình.

Bài viết cùng chủ đề